По данным Новгородской первой летописи каменная церковь Св. Параскевы Пятницы возведена в 1207 году «заморскими купцами» (новгородцами, торгующими с иноземными странами). Для Новгорода почитание св. Параскевы – покровительницы торговли, исторически является очень значимым. Члены Пятницкой купеческой общины вносили в пользу церкви постоянный сбор серебром, а по договору с Готландом от 1229 года, готландские купцы тоже были обязаны при выезде на родину вносить по серебряной марке в церковь.

Расположенная между двух княжеских сооружений – церкви Успения и Никольского собора, церковь Параскевы смотрится очень необычно, явно отличаясь от новгородского архитектурного канона своего времени. Она относится к типу «башнеобразных» храмов, архитектура такого рода пришла в Новгород из Полоцка и Смоленска, став своего рода феноменом. Вытянутый по оси запад-восток план храма, благодаря трём притворам создаёт не встречавшуюся ранее в новгородском зодчестве форму креста. За линией восточной стены выступает вперёд лишь центральная апсида, боковые «утоплены» в толще стены и снаружи не выявлены.

Исследователи едины во мнении, что ближайшим архитектурным аналогом ц. Параскевы является ц. Михаила Архангела в Смоленске.

Церковь Параскевы Пятницы неоднократно горела, трижды имели место обрушения. Архитектор-реставратор Г.М. Штендер насчитал до 15 перестроек, оказавших огромное влияние на внешний вид церкви.

Новгородская четвёртая летопись сообщает, что в 1524 г. стараниями «московского гостя» Димитрия Ивановича Сыркова и «великорядцев» осуществлён ремонт ц. Параскевы Пятницы, из чего можно сделать вывод, что к этому времени она всё ещё являлась патрональным храмом для купцов, не обделявших её своей заботой.

В 1524 г. церковь стала двухъярусной, получив подцерковье (упоминается, что во время опричного погрома Новгорода казна располагалась в подцерковье Никольского собора, церквей Прокопия и Параскевы), покрытие изменило форму на восьмискатное, впоследствии став четырёхскатным.

Пожар 1745 года уничтожил деревянное шатровое покрытие над куполом, именно после него была установлена новая железная сферическая крыша над куполом, на которую и поставили на малой шейке главку с крестом, сохранившуюся поныне.

В XVII-XVIII веках многие лавки стояли на земле церкви, внося за это арендную плату.

К началу XIX в. состояние церкви оценивалось как ветхое, в 1816-17 гг. стоял вопрос о разборке ц. Параскевы Пятницы, с целью пустить материалы на ремонт Никольского собора.

В годы Великой Отечественной войны памятник значительных разрушений не получил, однако нуждался в безотлагательной реставрации. В 1957 г. Г.М. Штендером составлен проект реставрации, одобренный Научно-Методическим Советом АН СССР и утверждённый Госстроем РСФСР. В 1958-1963 гг. проведены строительно-реставрационные работы.    

Памятник оказал огромное влияние на последующее развитие местного зодчества, положил начало новым творческим поискам. Архитектурные идеи здания и его отдельные формы постоянно использовались новгородскими зодчими вплоть до ХVI в. Образ памятника и его конструктивная система лежат в основе «классического» новгородского храма периода расцвета боярской республики. 

Таким образом, в настоящее время памятник представляет собой, по выражению Г.М. Штендера, «раскрытую для чтения своеобразную архитектурную энциклопедию, составленную из разновременных форм, с показом строительной техники и приемов средневекового Новгорода».