При посещении действующих храмов и монастырей просьба соблюдать традиционные требования РПЦ к одежде: для женщин - покрытая голова и плечи, для мужчин - брюки.

Впервые упоминается под 1408 годом в связи с приходом в монастырь Михаила Клопского.

Главной святыней монастыря являются мощи святого Михаила Клопского, почивающие под спудом на южной стороне Троицкой церкви.

В результате Секуляризационной реформы 1764 года Клопский монастырь был включён в число третьеклассных.

Указом Святейшего синода от 10 апреля 1913 года обращён в женский общежительный.

В 1934 году монастырь был закрыт. В 2005 году возвращён Новгородской епархии. Восстановление обители ведётся под руководством наместника игумена Иакова (Ефимова).

Центром ансамбля является четырёхстолпный трёхглавый Троицкий собор, выстроенный в 1560-е годы и позднее обстроенный живописными приделами и галереями с колокольней (не сохранились). По моде грозненского времени храм был многопрестольным. Каменная церковь Николая Чудотворца с трапезной впервые упомянута в писцовых книгах под 1581 годом.

В начале XIX века, при игумене Герасиме (Гайдукове), собор был перестроен так, что потерял всю свою неповторимость — палаточное завершение (заменено на четырёхскатное) и приделы, из трёхглавого он стал пятиглавым. При реконструкции трапезной церкви в бывшей трапезной палате устроили 2 придела. Несколько ранее были построены каменная ограда, братские кельи и новая колокольня (1805). В годы Великой Отечественной войны трапезная церковь была сильно разрушена. В 1960-е годы собор был законсервирован, а Никольская церковь по-прежнему пребывает в руинах.