Свято-Духов монастырь основан в 1327 г. Широкую известность он получил во второй половине XVI в. в связи с перенесением в него мощей Иакова Праведного Боровичского. В 1613 г. в период смутного времени монастырь был разграблен шайками шведов, поляков и русских бродяг. Сохранившийся до нашего времени монастырский архитектурный ансамбль представляет памятник русского зодчества XVII-XIX вв. В трудное время Первой Мировой войны часть зданий монастыря использовали под лазарет. В 1920 г. монастырь закрыли. В годы Великой Отечественной войны на территории бывшего монастыря располагался госпиталь. Позднее – воинская часть. 14 сентября 2000 г. в древнюю святыню вновь вошли верующие.

Духовное училище с 1809 г. располагалось в Свято-Духовом монастыре, а с 1859 г. – в новом здании, построенном на Павловской площади на месте бывшего Путевого дворца Екатерины II. Здесь получали духовное начальное образование за 4 года около 90 мальчиков, большинство которых затем поступали в Новгородскую Духовную семинарию. Список выпускников Боровичского духовного училища может составить честь любому учебному заведению.

Покровителем Боровичей является святой праведный Иаков Боровичский чудотворец. В весеннее половодье 1452 г. прибило к берегу чуть повыше Свято - Духова монастыря льдину, на которой в потемневшей колоде лежало тело некоего отрока. Жители несколько раз отталкивали льдину шестами, но она снова и снова возвращалась к прежнему месту. Имя святого открылось во сне нескольким старейшинам селения: святой назвал себя Иаковом, соимёнником брата Божия. В течение 93 лет после приплытия и последовавшего затем погребения почившие под спудом нетленные останки святого источали благодатные исцеления. Открытие и перенесение мощей совершилось 23 октября 1545г., а на месте захоронения забил целебный источник, и была построена деревянная часовня, а в 1871г. – каменная часовня в честь иконы Божией Матери «Умиление».

К юго-востоку от Свято-Духова монастыря, на берегу Мсты, находилась небольшая деревянная шатровая церковь в честь иконы Божией Матери «Умиление». Храм этот построили на святом для боровичан месте. Здесь в 1452 г. были погребены мощи св. прав. Иакова Боровичского чудотворца. В 1806 г. церковь сгорела, на её месте сразу же возвели временную деревянную часовню. Только в 1871 г. вместо временной часовни была построена каменная часовня. В1881 г. её освятили в честь иконы Божией Матери «Умиление». В церкви хранилась в особом футляре святыня Боровичей – небольшая часть гробовой колоды, в которой и приплыл в наш город на льдине прав. Иаков. В 1937 г. церковь иконы божией Матери «Умиление» закрыли. Здание её использовали под сапожную мастерскую. В годы Великой Отечественной войны здесь изготавливали и хранили бутылки с зажигательной смесью. Потом в этом здании разместили керосинный магазин. А ещё позднее здание наполовину разрушенного храма использовалось под склад горюче-смазочных материалов заводом «Мстатор». Летом 1993 г. осквернённый храм передали православной общине. 5 ноября 1995 г. исполнилось 450 лет со дня открытия святых мощей Иакова Боровичского. В этот день в храме прошла первая Божественная Литургия.

В центре города, на Екатерининской площади (ныне сквер им. Кирова), находились два собора: зимний и летний. Наиболее древний – зимний, тёплый собор в честь Введения в храм Пресвятой Богородицы. Он был построен в 1777 г. на месте деревянной Борисоглебской церкви, которая сгорела в 1758г. Этот красивый каменный храм до 1862 г. назывался Троицким, а потом был переименован во Введенский. Исторической достопримечательностью Введенского собора была плита, установленная в 1772 г. в стене ещё строившегося собора, в честь получения Боровичами статуса города. Сейчас этот «каменный паспорт» города находится в экспозиции городского краеведческого музея. Собор был снесён в 1932-1933 гг.

Троицкий собор строился с 1835 по 1862 год по проекту губернского архитектора М. М. Праве. Руководил работами талантливый боровичский архитектор Е.И. Марин. Собор имел три престола: главный – во имя пресвятой Троицы, с правой стороны – в честь иконы Божией Матери «Казанской», с левой стороны – первоверховных апостолов Петра и Павла в память о престоле древнего боровичского храма. В мае 1930 г. начались работы по переоборудованию Троицкого собора в городской театр, они были закончены 10 ноября 1931 г. Постепенное возрождение храма началось в 2013 г. В сентябре 2020 г. на восстановленный барабан был вновь водружён позолоченный купол.

На Спасской стороне, прекрасно вписываясь в пейзаж левого берега Мсты, стояли две каменные соборные церкви. Одна – тёплая, зимняя, а другая –холодная, летняя. Церкви были окружены каменной, с железной решёткой оградой, с красивыми воротами и каменной одноэтажной сторожкой. Спасо-Преображенская церковь, по названию которой именовалась левобережная часть города, а в древности погост, была построена в 1797 г. на намоленном месте древнего деревянного храма. Церковь была двухэтажная, летняя. В верхнем этаже, куда вела очень красивая лестница, находился главный престол – Преображенский. В нижнем этаже храма было 2 престола. Один в честь Пресвятой Богородицы – Успенский. Другой – во имя вмч. Пантелеймона. Иконы этих приделов были очень древнего письма. Церковь имела трёхъярусную колокольню, соединённую с притвором.

В слободе Коленица в конце XVIII века устроили новое кладбище, на котором в 1798 г. началось строительство каменного храма. В 1800 г. храм был освящён в честь Успения Пресвятой Богородицы. В праздник Успения площадь около церкви украшалась ковром из живых цветов. В 1939 г. на кладбище при церкви Успения Божией Матери прекратили захоронения. В праздник Рождества Христова 7 января 1941 г. Леноблисполком решает закрыть последний действующий православный храм в г. Боровичи. В октябре 1944 г. полностью разграбленный храм возвратили верующим. Богослужения в Успенской церкви начались с 1 января 1945 г. В 1960 г. Успенский храм вновь отобрали у православных христиан. В нём разместился ЗАГС и городской лекторий, в котором устраивали различные увеселительные мероприятия. В 1990 г. по просьбе верующих храм вновь вернули Православной церкви.

Тихвинская церковь находилась на Павловской площади (ныне пл. Володарского). Украшением этой старой площади являлась церковь в честь иконы Божией Матери «Тихвинской». С неё начинался Тихвинский тракт. Тихвинская церковь была преобразована из часовни в 1907 г. В 1937 г. церковь закрыли. После Великой Отечественной войны в ней находился комиссионный магазин. В 50-е годы XX в. это добротное каменное здание разобрали. Вскоре на месте церкви поставили деревянный пивной киоск и аппараты для газированной воды. Позднее и фундамент бывшего храма уничтожили проложенными через его центр канализационными трубами.

В городском летнем саду (ныне сквер Победы) находилась часовня Введения в храм Пресвятой Богородицы, построенная, по некоторым сведениям, на алтаре древней церкви. Введенская часовня была окружена каменной, с железной решёткой, оградой. Часовню украшал позолоченный крест. С наружной стороны в специальной нише находилась икона Пресвятой Богородицы. Введенскую часовню в 30-годы XX в. разобрали.

Чуть ниже Спасского собора, при переправе на правый берег, над родником, который почитался в Боровичах как чудотворный, находилась часовня во имя Нила Столобенского. По преданию, Пётр I пил воду из этого источника. В 1937 г. часовню разобрали.