Церковь Святых Петра и Павла — объект культурного наследия федерального значения, памятник Всемирного наследия ЮНЕСКО. Храм был заложен в 1185 году жителями Лукиной улицы и завершён в 1192 году. Для древнего Новгорода это важная особенность: впервые инициаторами строительства каменной церкви выступила городская община — «лукиничи» или жители Лукиной улицы.

Петропавловская церковь позволяет увидеть, каким было новгородское храмовое зодчество конца XII века. Несмотря на позднейшие перестройки и утраты, в храме во многом сохранился первоначальный архитектурный облик, а сам памятник остаётся важным свидетельством раннего боярского, республиканского Новгорода.

Исследователи считают, что возможно, в строительстве храма участвовала  полоцкая строительная артель. Она могла появиться в Новгороде после событий 1185 года, когда поход новгородско-смоленской коалиции на Полоцк завершился миром. Вероятно, именно смена мастеров и технологий объясняет необычайно долгий для новгородского зодчества срок строительства храма — почти семь лет.

Церковь Петра и Павла — единственная сохранившаяся постройка бывшего Петропавловского женского монастыря. После упразднения обители храм стал приходским, а вокруг него сформировалось Петровское кладбище — один из старейших новгородских некрополей.

В XX веке судьба храма была непростой. В годы Великой Отечественной войны церковь получила значительные повреждения. В 1960-е годы была проведена консервация храма, однако к началу XXI века состояние памятника вновь стало критическим. В июне 2019 года храм был передан в управление Новгородскому музею-заповеднику. С 2023 по 2026 годы была проведена реставрация, которая затронула практически все части храма.

В 2024 году в ходе реставрационных работ специалистами Института археологии РАН была обнаружена гробница с останками, которые Русской Православной Церковью признаны как мощи средневековой святой Харитины. Преподобная Харитина Литовская, любимая как новгородцами, так и белорусскими православными святая, служила и закончила в этом монастыре свои дни, а мощи её, погребенные под спудом, являлись главной святыней монастыря.