Памятник расположен к югу от Великого Новгорода, на берегу озера Мячино. Является объектом Всемирного культурного наследия ЮНЕСКО. 

В 1170 году новгородский архиепископ Илья (в монашестве Иоанн) основал вместе с братом Гавриилом (в монашестве Григорием) монастырь и поставил в нем деревянный храм. Через девять лет его заменили каменным зданием.  В 1189 году интерьер был расписан по заказу Григория, ставшему архиепископом после смерти брата. Фрески сохранились в алтаре, жертвеннике и диаконнике. Их художественные качества - условность, стилизация, подчеркнутая линеарность, декоративность - характерны для живописи конца ХІІ века. 

Благовещенский монастырь был одним из наиболее богатых в Новгороде. В 1299 году его игумен Феоктист был поставлен архиепископом. Добровольно оставив кафедру в 1307 году, он вернулся в родную обитель, где через три года упокоился. Феоктист был похоронен в юго-западной части храма, а в ХVІІІ веке его мощи были перенесены в Юрьев монастырь в связи с упразднением Благовещенской обители.

После шведской оккупации церковь пребывала в полуразрушенном состоянии до 1680-х годов, когда была восстановлена на средства воеводы Василия Рамодановского. План здания был сохранен, но высота значительно понижена, уже не было хор, первоначальные окна были заделаны, пробиты новые. Памятник перетерпел и другие изменения. В северо-западной части был устроен придел Феоктиста, а в 1854 году к западному фасаду пристроена паперть с колокольней,  которую разобрали в 30-е годы ХХ века. 

Возглавляя архитектурное восстановление памятника, Л.Е. Красноречьев раскрыл заделанные во время восстановительных работ ХVІІ века элементы первоначального здания. Благовещенская церковь отреставрирована в формах ХVІІ века, с максимальным выявлением храма ХІІ века.

В начале ХХІ века под руководством В.В. Седова были проведены археологические раскопки, которые дали интересные результаты. Среди них - обнаружение оснований первоначального притвора церкви и других каменных зданий обители.