Церковь Прокопия мученика расположена в южной части Ярославова дворища, к югу от Никольского собора и к востоку от церкви Жён Мироносиц. 

Впервые церковь упоминается в летописи 1311 г.в связи с пожаром. В 1359 г. зафиксировано новое строительство: «Постави владыка Моиси святого Прокопья церковь камену на княжи дворе". Но остатков этих храмов при исследованиях не обнаружено.

Существующая церковь сооружена в 1529 г.: «Основанна бысть церковь святы великомученик Прокопии каменна и с погребом в Великом Новегороде на Ярославле дворе, а зделаша ю в семь месяць и крест поставили, а строитель церкви гость Московскии Дмитреи Иванов сын Сыркова». Дмитрий Сырков – сын родоначальника крупнейшей купеческой фамилии Сырковых в конце XV в. переселенной Иваном III на земли опальных новгородских бояр. Обширная строительная деятельность в Новгороде присуща нескольким поколениям этой фамилии.

Архитектура памятника весьма выразительна и интересна. Это один из самых маленьких по размерам храмов Новгорода (9 х 12,5 м с притвором). Как и предыдущая постройка Сырковых (церковь Жен Мироносиц) памятник отражает взаимодействие новгородской и московской традиций. Образ, силуэт и основные габариты здания ориентированы на «классический» новгородский храм XIV-XV вв., например, церкви Иоанна Богослова на Витке, Двенадцати апостолов, Симеона Богоприимца. Но декор и строительная техника скорее московские (килевидные арки, три равновысокие апсиды, восьмискатное покрытие, ступенчато-повышенные подпружные арки, на которые поставлен световой барабан). Отличительная особенность памятника – наличие подвала. Церковное помещение расположено в верхнем ярусе, куда первоначально вели три деревянных крыльца и узкая внутристенная лестница из подцерковья. Западные столбы в интерьере круглые. На юго-западном столбе сохранились значительные фрагменты первоначальной росписи с изображением святых Антония Римлянина и Варлаама Хутынского в рост.

Несмотря на многочисленные пожары и ремонты памятник не подвергался кардинальным перестройкам и сохранил почти все свои древние формы.  В начале XIX в. из-за плохого состояния и отсутствия денег на ремонт Синод вынес решение о разборке церкви "по совершенной ветхости... и неудобности к поправлению". Но это решение выполнено не было. В 1833-34 гг во время ремонтно-строительных работ над углами здания появилась деревянная надстройка для устройства четерехскатного покрытия над основным объемом и притвором,  с западной стороны во всю ширину стены была пристроена каменная паперть-крыльцо. Видимо, тогда же была ликвидирована и настенная звонница, которая предположительно, возвышалась над западной стеной.

В годы Великой Отечественной войны памятник сильно пострадал: сгорели крыша и  деревянная надстройка над углами здания, памятник оказался в аварийном состоянии.

В 1953-1955 гг. под руководством архитектора Т.В. Гладенко проведены исследования и восстановительные работы с частичной реставрацией. В частности, восстановлена восьмискатная кровля, разобрана паперть-крыльцо XIX века. 

Новые для новгородской архитектуры приемы, используемые при строительстве Прокопьевской церкви оказали значительное влияние на дальнейшее развитие новгородского зодчества: он послужил образцом при строительстве в середине XVI в. стоящей неподалеку церкви Благовещения на Торгу, стало традиционным восьмискатное покрытие и использование килевидных арок на фасадах.

В 1992 году памятник включен в Список культурного наследия ЮНЕСКО.

В 2021 г. будут закончены проектные работы на реставрацию памятника, которая, предположительно, будет выполнена в 2022-2024 гг.