Мастерская реставрации бумаги работает с самым большим количеством фондов Новгородского музея. Из фонда хранения графики поступают в реставрацию произведения, выполненные в технике печатной (офорт, резец, ксилографии, меццо-тинто и т.д.) и оригинальной (карандаш, акварель, тушь, гуашь, пастель и проч.) графики. Отдел хранения и изучения письменных источников передаёт на реставрацию архивные документы различных периодов. Это рукописные столбцы XVII века, личные и гражданские документы дореволюционного времени, печатная графика рубежа XIX—XX веков и архивные документы постреволюционного периода. Из фонда старопечатных и рукописных книг на реставрацию поступают книги XVII—XIX вв., из фонда музейной библиотеки — периодические издания печати ХХ в.

Мастерская реставрации бумаги существует с конца 1970-х гг. Здесь несколько лет работала Надежда Николаевна Ботвинник, реставрировавшая газетные листы из научной библиотеки музея. В 1979 г. пришла Оксана Евгеньевна Андреева, которая после стажировок в московских реставрационных центрах расширила сферу деятельности — начала реставрировать графику. В это время для мастерской было выделено отдельное помещение (первоначально реставрация бумаги соседствовала с реставрацией металлов), приобретена мебель и пневматический пресс.

С 1994 по 2002 г. в мастерской работала Мария Николаевна Лиссова, ученица Надежды Николаевны Ботвинник, стажировавшаяся, также, в реставрационных мастерских Российской Научной Библиотеки (Санкт-Петербург). Через её руки прошло значительное количество архивных документов, книг и графических работ.

Сегодня специалисты мастерской осуществляют реставрацию произведений, выполненных на разных основах (различные виды бумаги, картон, калька) в технике гуаши, акварели, карандашной, чернильной, туши. Реставрационные работы выполняются с максимальным учётом современных отечественных методик и возможностей музея. Сотрудники мастерской проходили обучение в лаборатории научной реставрации графики Государственного Эрмитажа, в мастерской реставрации графики в ГМЗ «Петергоф», в ВХНРЦ им. академика И.Э. Грабаря, Библиотеке иностранной литературы им. Рудомино, стажировались по вопросам реставрации фотографических материалов, сохранности и реставрации рукописного наследия.

С 2005 года ведётся работа с коллекцией уникальных документов (столбцов) XVII века, содержащих деловую и хозяйственную переписку. Они представляют собой узкие нарезанные листы бумаги, которые склеивались в длинные ленты, затем скатывались и хранились в виде свитков. После изучения публикаций различных реставрационных центров была выработана методика по выполнению комплекса реставрационно-консервационных работ, включающих восполнение утраченных фрагментов, укрепление хрупких участков основы, нейтрализацию уровня рН. Особое внимание было уделено выцветающему тексту, т.к. основной его причиной был силикатный клей, который использовался при инвентаризации коллекции. В результате проведённых работ процесс деструкции был остановлен, и предметы приведены в стабильное состояние.

Документы послереволюционного периода, поступающие в реставрацию, позволяют расширить навыки специалистов. Зачастую эти предметы выполнены на бумаге низкого качества, которая не обладает пластичностью и долговечностью. Их владельцы, стремясь сохранить столь хрупкий материал, использовали доступные средства, которые не всегда положительно сказывались на состоянии сохранности. Специалисты мастерской тесно сотрудничают с реставратором переплётов Сергеем Сергеевичем Ефимовым, подготавливая книжные блоки перед реставрацией переплётов. Результатом этого сотрудничества является значительное количество отреставрированных рукописных и старопечатных книг из фондов музея. Специалисты мастерской, как и все сотрудники отдела, работают с экспонатами из филиалов музея. Одновременно с реставрацией музейных предметов они участвуют в подготовке выставок, проводят профилактические осмотры экспонатов в фондах музея и филиалов.

В 2020 году реставратором графики А.М. Яковлевой подготовлена к экспонированию на выставке военного плаката серия плакатов времен Великой Отечественной войны.