Здание Присутственных мест – главное административное учреждение Новгородской губернии XVIII – XIX веков. Проект здания Присутственных мест разработал губернский архитектор В.С. Поливанов. В Присутственных местах размещались уездное казначейство, уголовный и гражданские суды, казенная палата, Приказ Общественного призрения, губернская чертежная и другие организации. В 1805 году здание сгорело, было восстановлено в 1815 – 1825 годах архитектором И. Рогинским с изменением декора фасадов. Во время Великой Отечественной войны памятник серьёзно пострадал. Здание восстанавливалось до 1957 года и было передано Новгородскому музею. В течение двух лет в 35 залах были развернуты экспозиции исторического, советского и художественного отделов. На протяжении десятилетий экспозиции неоднократно обновлялись. К концу 1960-х годов назрела необходимость перестройки экспозиции отдела истории дореволюционного прошлого, созданной в 1957 – 1959 годах. Существующая по сегодняшний день историческая экспозиция проектировалась и воплощалась более десяти лет.

Создание одной из лучших в России исторической экспозиции стало возможным благодаря планомерному археологическому изучению Новгорода, начатому в 1932 году и продолжающемуся сегодня. Крупнейшие Неревский и Троицкий раскопы, изучавшие центральные усадьбы древнего Новгорода, принесли исключительные археологические находки. В 1965–1967 годах кафедра археологии МГУ и Институт археологии АН СССР передали в Новгородский музей большую археологическую коллекцию материалов Неревского и Ильинского раскопов, что дало возможность полнее раскрыть вопросы материальной культуры средневекового Новгорода. На основе этих коллекций в 1975 году была открыта историко-археологическая экспозиция «История Новгорода и Новгородского края (с древнейших времен до XVII в.)». Авторами тематико-экспозиционного плана являлись Л.И. Петрова и В.Л. Янин, художником - В.Е. Баклан. Планировка залов подчинена логике экспозиционного показа важнейших этапов исторического развития Новгородской земли. В хронологическом отношении экспозиция Новгородского музея отражает историю Новгородской земли с эпохи каменного века до Нового времени (конец XVII века). Оформление экспозиции и исторические сюжетные росписи сводов по мотивам миниатюр Летописного Лицевого свода выполнены художниками Ленинградского комбината живописно-оформительского искусства. В работе над созданием экспозиции принимали активное участие ведущие историки и археологи: В.Л. Янин, Б.А. Колчин, А.С. Хорошев, Е.А. Рыбина. В экспозиции представлено более двух тысяч предметов X – XVII веков из фондов Новгородского музея-заповедника.

Уникальное собрание икон Новгородского музея-заповедника, включающее более полутора тысяч памятников XI – начала XX веков, занимает одно из главных мест среди музейных коллекций древнерусского искусства. Основу собрания составляют произведения, созданные в главных иконописных мастерских Новгорода и дающие яркое представление об искусстве одного из древнейших художественных центров средневековой Руси.

Начало собранию было заложено коллекцией Новгородского музея древностей, основанного в 1865 году. В настоящее время собрание иконописи представлено в экспозиции «Русская икона XI-XIX веков». Она занимает 14 залов второго этажа здания бывших Присутственных мест и включает более 260 икон. Здесь можно увидеть одну из древнейших русских икон – монументальный образ апостолов Петра и Павла середины XI столетия из новгородского Софийского собора, а также самую раннюю  из сохранившихся русских подписных икон – образ святителя Николая Чудотворца 1294 года мастера Алексы Петрова. Ко второй половине XIV века – времени расцвета художественной культуры Древнего Новгорода – относятся такие уникальные иконы как «Свв. Борис и Глеб» и «Покров Богоматери». Целый ряд великолепных памятников представляет живопись XV столетия, по праву считающуюся классическим периодом новгородской иконописи: иконы «Деисусный чин и молящиеся новгородцы» и «Битва новгородцев с суздальцами», ансамбль софийских святцев («таблеток»). Выдающимся мастерством исполнения и исключительной сохранностью выделяются два живописных ансамбля середины XVI века – иконостасы церкви Апостолов Петра и Павла в Кожевниках и собора Рождества Богоматери Антониева монастыря. Особое место среди памятников второй половины XVI века занимает икона «Видение пономаря Тарасия» из Спасо-Преображенского собора Хутынского монастыря.

Кроме новгородских икон в экспозицию вошли произведения, созданные в других крупных художественных центрах Руси, прежде всего, в Москве и Пскове, что позволяет ярче выявить своеобразие живописи Древнего Новгорода.

История Великого Новгорода — это история России, история племен, народов и государств, сопредельных с Россией. Новгородские раскопки по праву можно сравнить с раскопками Трои и Помпей. Новгород – один из крупнейших центров Древней Руси, отличающийся уникальной республиканской системой государственного управления. Город - средневековый мегаполис, по количеству населения не уступавший таким городам как Лондон или Париж, а по качеству городского благоустройства иногда и превосходивший европейские города.

В настоящее время фонд археологических коллекций Новгородского музея-заповедника является одним из крупнейших в России и носит эталонный характер. По состоянию на 2020 год в нем насчитывается около 200 000 единиц хранения. В 1992 году культурный слой Великого Новгорода был включен в список Всемирного наследия решением Комитета Всемирного наследия ЮНЕСКО. Археологические экспедиции, проводящие полевые исследования на территории Новгорода и Новгородской земли с 1932 года, ежегодно передают в музей сотни артефактов, относящихся к различным историческим периодам – от каменного века до позднего средневековья.

Культурный слой Великого Новгорода сохранил для нас не только предметы из металла, камня, стекла и керамики, встречающиеся при раскопках большинства археологических памятников древнерусской эпохи, но и вещи из органических материалов: дерева, кости, кожи, текстиля.  Причиной прекрасной сохранности «органики» является повышенная влажность нижних слоев новгородской почвы. Новгород почти на всей его площади подстилают материковые слои плотной водонепроницаемой глины. Эта влажность предохраняет попавшие в землю органические вещества от доступа воздуха и, соответственно, от гниения. Именно этот факт отличает комплекс новгородской археологии от других древнерусских городов.

Многие экспонаты, представленные зрителю, и, прежде всего, берестяные грамоты, являются в полном смысле слова уникальными. Такого их количества и многообразия нельзя увидеть больше нигде. Влажная новгородская почва смогла сберечь для потомков берестяные грамоты – «северный папирус». Сам факт нахождения этих документов помог ученым по-новому посмотреть на историю России в средневековье: подтвердить гипотезу о распространении грамотности, уйти от только летописного изложения истории, и представить, оживить обычную жизнь средневекового человека, «услышать его голос».

Археологические раскопки, которые ежегодно на протяжении многих десятилетий ведутся в Новгороде, помогли восстановить облик древнего Новгорода. Предметы быта из керамики, металла и дерева, кости, детали костюма из кожи, ткани, образцы вооружения и средств передвижения, музыкальные инструменты в сочетании с документальным, сфрагистическим, нумизматическим материалом дают яркое и верное представление о средневековом Новгороде.