Расположен на небольшом полуострове у истока Волхова, где почти 2000 лет назад находилось языческое капище. Здесь древние славяне поклонялись всесильному Перуну Громовержцу. По свидетельству новгородской летописи, идол Перуна был поставлен воеводой киевского князя Владимира Добрыней в 980 году во время крупной реформы славянского язычества. В 988 году при принятии Русью христианства идола сбросили в Волхов.

После принятия христианства был основан Рождественско-Богородицкий мужской монастырь. Во времена Новгородской республики в монастыре велось книгописание. В XVII веке обитель приписана Юрьеву монастырю.

Одноглавая церковь Рождества Богородицы XIII века – главный храм монастыря – самый маленький храм на Новгородской земле.

В XIX веке стараниями архимандрита Фотия устроен скит по примеру палестинских со строгим уставом. Обитель закрыли в 1920 году одновременно с Юрьевым монастырем. В 1990 году в Перыни вновь открыт скит.